하나님의 주권, 하나님의 자비와 긍휼, 이방인에 대한 하나님의 관심 등을 아우르는 수많은 신학적 주제들과 닿아 있다. 또한 요나서는 불순종적인 이스라엘 선지자에 대한 내용은 물론 악인들의 회개와도 관련된다. 요나서는 피조물에 대한 하나님의 통제를 강조하면서 하나님의 주권을 강조한다. 요나서의 내러티브는 하나님이 그분의 뜻을 행하는 데 창조 질서를 사용하시는 것을 묘사하기 위해 히브리어 ‘마나’(manah, “지정하다”)를 4회 사용한다. 하나님은 요나를 삼킬 큰 물고기를 지정하시고(1:17), 선지자 요나 위에서 자라날 식물을 지정하시며(4:6), 그 식물을 파괴할 벌레를 지정하시고(4:7), 그분의 반항적인 종을 곤하게 만들 바람을 지정하신다(4:8). 또한 하나님은 1장에서 폭풍을 일으키신다. 하나님의 주권이라는 이 주제는 하나님 자신의 선지자가 하나님의 명령에 순종하기를 거부한다는 역설을 만들어낸다. 요나의 불순종은, 폭풍이 자신들의 배를 강타하며 위협할 때 하나님께 부르짖는